WindowsのHDDのディスク番号とマザーボードのSATAポート番号が一致しないことがあります。
具体的には、マザーボードのポート1にディスクAを接続し、ポート2にディスクBを接続したにもかかわらず、Windowsでディスク番号を確認すると、
となってしまします。
この問題はPnPが返すディスクの順番通りにWindowsがディスク番号を付与するためとのことです。Windowsの既知の問題のため、いまのところ対応方法はなさそうです。(下記URLを参考)
http://support.microsoft.com/kb/937251/ja-jp